Setelah melalui negosiasi yang cukup panjang akhirnya antara BPJS Kesehatan dan Asosiasi pengusaha Indonesia (APINDO) sepakat akan ikut dalam program JKN per 1 Januari 2015 mendatang. Kesepakatan tersebut dituangkan dalam nota kesepahaman yang ditandatangani oleh BPJS Kesehatan dan Apindo yang disaksikan langsung oleh Dewan Jaminan Sosial. Dalam perjanjian kerjasama itu ditegaskan bahwa Apindo akan mendorong semua badan usaha agar mendaftar dengan memakai registrasi badan usaha dan data pekerjanya lewat aplikasi yang telah disediakan. Proses pendaftaran itu paling lambat 1 Januari 2015. Apabila badan usaha tidak mengindahkan atau tidak mematuhi maka akan dikenai sanksi menurut PP Nomor 86.
Setelah melakukan proses pendaftaran tersebut maka badan usaha masih diberi kesempatan selama 6 bulan untuk melakukan aktivasi, pembayaran iuran. Perusahaan yang telah tervalidasi dapat langsung aktif menjadi peserta BPJS Kesehatan sesuai aturan yang ada. Jadi perusahan atau badan usaha masih bisa melakukan penyesuaian penyesuaian data karyawannya paling lambat 30 Juni 2015, tetapi pendaftaran tetap pada 1 Januari 2015. Perusahaan yang mempunyai fasilitas kesehatan, seperti rumah sakit dan pusat kesehatan juga wajib bekerja sama dengan BPJS Kesehatan.
Dalam PP Nomor 86 telah disebutkan bahwa perusahaan yang tidak mendaftar dalam BPJS Kesehatan bisa dikenai sanksi. Sanksi yang diberikan terdiri dalam beberapa tahap seperti teguran tertulis sebanyak 2 kali dimana masing masing diberi jangka waktu 10 hari. Setelah itu bila teguran tertulis tetap tidak diindahkan maka 30 hari sesudahnya akan diberi sanksi denda. Sanksi denda itu akan dijadikan sebagai pendapatan lain dana jaminan sosial.
Apabila pekerja telah mempunyai jaminan kesehatan asuransi swasta maka akan diusahakan untuk dapat memanfaatkan Coordination of Benefit (CoB) dalam waktu enam bulan yang diberikan. Asuransi swasta diminta untuk dapat menyesuaikan diri dengan skema managed care. Skema ini mengharuskan adanya rujukan berjenjang sebelum peserta ke rumah sakit.