Sistem rujukan yang diterapkan dalam pelayana kesehatan JKN ini memang perlu disosialisakan kepada masyarakat. Masih ada peserta yang memang belum paham adanya sistem berjenjang BPJS Kesehatan terkait layanan kesehatan yang bisa akses. Sistem Rujukan pelayanan kesehatan adalah penyelenggaraan pelayanan kesehatan yang mengatur pelimpahan tugas dan tanggung jawab pelayanan kesehatan secara timbal balik baik vertikal maupun horizontal yang wajib dilaksanakan oleh peserta jaminan kesehatan atau asuransi kesehatan sosial, dan seluruh fasilitas kesehatan.Ketidak pahaman ini kadang kala berujung pada kekecwaan terhdapa BPJS Kesehatan maupun penyedia jasa pelayanan kesehatan yang bekerja sam adengan BPJS Kesehatan.
Pelayanan kesehatan perorangan terdiri dari 3 (tiga) tingkatan yaitu Pelayanan kesehatan tingkat pertama (FASKES Primer), Pelayanan kesehatan tingkat kedua (Faskes Lanjutan) dan Pelayanan kesehatan tingkat ketiga. Pelayanan kesehatan tingkat ketiga merupakan pelayanan kesehatan sub spesialistik yang dilakukan oleh dokter sub spesialis atau dokter gigi sub spesialis yang menggunakan pengetahuan dan teknologi kesehatan sub spesialistik.
Fasilitas Kesehatan Tingkat lanjutan BPJS Kesehatan :
a. Rumah Sakit, terdiri dari RS Umum (RSU), RS Umum Pemerintah Pusat (RSUP), RS Umum Pemerintah Daerah (RSUD), RS Umum TNI, RS Umum Bhayangkara (POLRI), RS Umum Swasta, RS Khusus, RS Khusus Jantung (Kardiovaskular), RS Khusus Kanker (Onkologi), RS Khusus Paru, RS Khusus Mata, RS Khusus Bersalin, RS Khusus Kusta, RS Khusus Jiwa, RS Khusus Lain yang telah terakreditasi, RS Bergerak dan RS Lapangan.
b. Balai Kesehatan, terdiri dari : Balai Kesehatan Paru Masyarakat, Balai Kesehatan Mata Masyarakat, Balai Kesehatan Ibu dan Anak dan Balai Kesehatan Jiwa.
a. Rumah Sakit, terdiri dari RS Umum (RSU), RS Umum Pemerintah Pusat (RSUP), RS Umum Pemerintah Daerah (RSUD), RS Umum TNI, RS Umum Bhayangkara (POLRI), RS Umum Swasta, RS Khusus, RS Khusus Jantung (Kardiovaskular), RS Khusus Kanker (Onkologi), RS Khusus Paru, RS Khusus Mata, RS Khusus Bersalin, RS Khusus Kusta, RS Khusus Jiwa, RS Khusus Lain yang telah terakreditasi, RS Bergerak dan RS Lapangan.
b. Balai Kesehatan, terdiri dari : Balai Kesehatan Paru Masyarakat, Balai Kesehatan Mata Masyarakat, Balai Kesehatan Ibu dan Anak dan Balai Kesehatan Jiwa.
Fasilitas kesehatan penunjang yang tidak bekerjasama secara langsung dengan BPJS Kesehatan namun merupakan jejaring dari fasilitas kesehatan tingkat pertama maupun fasilitas kesehatan tingkat lanjutan yang bekerjasama dengan BPJS Kesehatan, meliputi Laboratorium Kesehatan, Apotek, Unit Transfusi Darah dan Optik.
Peserta yang ingin mendapatkan pelayanan yang tidak sesuai dengan sistem rujukan dapat dimasukkan dalam kategori pelayanan yang tidak sesuai dengan prosedur sehingga tidak dapat dibayarkan oleh BPJS Kesehatan, kecuali dalam kondisi tertentu yaitu kondisi gawat darurat, bencana, kekhususan permasalahan pasien,pertimbangan geografis, dan pertimbangan ketersediaan fasilitas. Untuk pasien di perbatasan atau jika atas pertimbangan geografis dan keselamatan pasien tidak memungkinkan untuk dilakukan rujukan dalam satu kabupaten, maka diperbolehkan rujukan lintas kabupaten.
Peserta yang ingin mendapatkan pelayanan yang tidak sesuai dengan sistem rujukan dapat dimasukkan dalam kategori pelayanan yang tidak sesuai dengan prosedur sehingga tidak dapat dibayarkan oleh BPJS Kesehatan, kecuali dalam kondisi tertentu yaitu kondisi gawat darurat, bencana, kekhususan permasalahan pasien,pertimbangan geografis, dan pertimbangan ketersediaan fasilitas. Untuk pasien di perbatasan atau jika atas pertimbangan geografis dan keselamatan pasien tidak memungkinkan untuk dilakukan rujukan dalam satu kabupaten, maka diperbolehkan rujukan lintas kabupaten.