Setelah BPJS Kesehatan mengalami defisit anggaran maka iuran untuk kepesertaan BPJS Kesehatan dinaikkan. Pemerintah telah menyetujui kenaikan iuran kepesertaan BPJS Kesehatan untuk penerima Bantuan iuran menjadi Rp.23.000 perbulan. Sebelumnya untuk penerima bantuan iuran pemerintah hanya mengiur sebesar Rp 19.225 perbulan. Iuran baru ini akan berlaku mulai tahun 2016.
Materi peningkatan iuran tersebut telah dibahas di Kementerian Kesehatan dan Dewan Jaminan Sosial Nasional (DJSN dan telah disetujui oleh Kementerian Keuangan. Untuk diketahui bahwa kepesertaan BPJS kesehatan terbagi menjadi 2 kategori yaitu penerima bantuan iuran (PBI) dan Non Penerima bantuan iuran (peserta mandiri). Untuk peserta BPJS Kesehatan PBI, iurannya di bayarkan oleh pemerintah.
Dana untuk menambah kenaikan iuran PBI ini akan mengambil dari dana Kementerian Kesehatan. Salah satu yang menjadi dasar kenaikan iuran PBI tersebur adalah karena BPJS Kesehatan mengalami defisit anggaran ketika iuran hanya sebesar Rp19.225 per bulan.
Menurut menteri Kesehatan BPJS mengalami defisit karena perhitungan iuran Rp19.225 tersebut merupakan perhitungan dulu asumsi sebelum menjalankan jaminan kesehatan nasional. Setelah jaminan kesehatan nasional dilaksanakan dalam kurun waktu satu tahun ini ternyata iuran Rp19.225 itu tidak mencukupi.