Rumah sakit merupakan salah satu bentuk usaha yang memiliki siklus pelayanan tiada henti, berbasis pada kepercayaan terhadap kualitas pelayanan, memiliki tingkat unpredictable service tinggi, pola pelanggan atau pasien yang datang tanpa rencana dengan alasan pemberian layanan lebih dikarenakan kebutuhan daparipada keinginan, proses pencipotaan produk layanan sarat dengan interaksi langsung antara pasien dengan petugas rumah sakit, perawat, dan dokter serta memiliki resiko operasional relative tinggi.
Rumah sakit juga merupakan suatu bentuk usaha yang membutuhkan peralatan canggih, tenaga kerja kompeten dan kebutuhan material khusus (farmasi). Disamping itu pelayanan dan operasionalisasi usaha rumah sakit juga sarat dengan aturan, standarisasi dan senditif terhadap aspek etika moral.
Regulasi terkait standar akreditasi RS dan BPJS Kesehatan juga menjadi tantangan yang harus dihadapi. Para pengelola rumah sakit sering kali menghadapi berbagai permaslahan dan tantangan dalam mengelola siklus transaksi proses bisnis rumah sakit, terutama dalam upaya menciptakan pengendalian internal yang memadai dengan tetap mengedepankan nilai pelanggan.
Pegelolaan siklus transaksi bisnis di sebuah organisasi seperti rumah sakit dapat dilakukan salah satunya dengan mendesain sebuah system infrmasi atau secara lebih khusus yang terkait dengan transaksi ekonomi di rumah sakit adalah system informasi akuntansi dan keuangan yang didalamnya terdapat komponen-komponen yang saling berinteraksi. Komponen komponen tersebut adalah manusia, prosedur, data, software dan infrastruktur terknologi informasi.
Tantangan di rumah sakit adalah bagaimana mengelola komponen tersebuit supaya berinteraksi secara sinergis dengan aspek layanan klinis, misi penyelamatan dan penyembuhan pasien, budaya organisasi, strategi bisnis, perunbahan regulasi, perkembnagan teknologi dan lingkungan dengan tetap menjaga terwujudnya pengendalian internal yang memadai dan tetap mampu mendukung terwujudnya pemberian nilai pelanggan (customer value) yang tinggi.
Tidak dipungkiri tidak sedikit rumah sakit di Indonesia yang mengalami kendala, kesulitan, kekecewaan atau bahkan kegagalan dalam implementasi system informasi manajamen rumah sakit (SIMRS) terkomputerisasi, entah dalam pemahaman sempit hanya sekedar billing sistem atau dalam pemahaman komprehensif sebuah sistem informasi terkomputerisasi yang terintegras dari hulu hilir. Dalam pengembangan sistem informasi terkomuterisasi yang baik adalah didasarkan pada suatu desain business proses yang sistematis sesuai dengan kaidah-kaidah serta peraturan-peraturan yang berlaku dan cocok dengan proses bisnis di masing-masing RS.
Apabila implementasi system informasi terkomputerisasi dilakukan secara potong kompas dengan langsung implementasi system informasi terkomputerisasi tanpa menyusun terlebih dahulu desain dari system tersebut seringkali implementasi menjadi kurang efektif dan kurang cocok dengan proses bisnis rmah sakit yang bersangkutan dan akhirnya berhentri di tengah jalan.
Sistem informasi akuntansi dan keuangan sebagai salah satu system dari rangkain sistem-sistem komprehensif di suatu organisasi yang memiliki peran sangat penting dalam menata aktivitas-aktivitas utama rumah sakit dalam kaitannya dengan pengelolaan transaksi dan pelaporan keuangan menjadi lebih efisien dan efektif. Aktivitas utama tersebut terangkum dalam siklus akuntansi rumah sakit yaitu siklus pendapatan, siklus pengeluaran, siklus pelayanan, siklus keuangan dan siklus pelaporan keuangan,