Sesuai dengan SK Kepala Dinas Kesehatan DI. Yogyakarta nomor 441/05664/III.2 tentang rujukan berjenjang maka system rujukan berlaku mulai 01 April 2016 untuk Kota Yogya.
Rujukan berjenjang merupakan system rujujan untuk pasien yang tidak dalam keadaan darurat, bencana dan kekhususan. Rujukan dari fasilitas pelayanan kesehatan primer ke fasilitas kesehatan sekunder dan dari fasilitas sekunder ke fasilitas pelayanan tersier harus sesuai dengan daftar rumah sakit rujukan yang telah ditetapkan dengan keputusan kepala Dinas Kesehatan.
Yang dimaksud RS Rujkan tersier adalah RS Rujukan Kabupaten/Kota, RS Rujukan Regional dan RS Rujukan Provinsi. Untuk PPK TK I yang rujukan sekundernya tidak mempunyai layanan spesialis mata dapatr merujuk ke RSUD Kota Yogyakarta.
Semua fasilitas pelayanan kesehatan WAJIB mengikuti jenjang rujukan yang telah ditetapkan. Untuk pasien dengan jaminan kesehatan, Badan penjaminan harus menggunakan keputusan kepala Dinas ini dalam system rujukan yang ditetapkan.
Dokter yang menerima rujukan wajib membuat rujukan balik atau surat keterangan masih perlu perawatan di rumah sakit tersebut (sesuai indikasi medis).
Jika dokter tidak membuat surat keterangan masih perlu perawatan di rumah sakit maka rujukan berlaku selama 1 (satu) bulan sejak dibuat.
Rumah sakit yang ditunjuk sebagai rujukan tersier dapat menerima rujukan langsung dari fasilitas pelayanan primer yang masyarakatnya berdomisili dalam radius 1 (satu) kilometer dari rumah sakit tersebut.
Rujukan berjenjang Kota Yogyakarta
FKTP/Puskesmas : Danurejan I, Danurejan II, Gondokusuman 1, Gondokusuman II, Tegalrejo, Gedongtengen, Eirobrajan, Ngampilan, Kraton, Jetis Kota gede I, Kotagede II, Umbulharjo I, Umbulharjo II, Matrijeron, Gondomanan, Pakualaman, Mergansang.
RS. Sekunder : RS. Bethesda lempuyangwangi, RS. Ludira Husada Tama, RS DKT Soetarto, RSKIA PKU Muh Kotagede, RS Happy Land, RSKIA Permata Bunda, RSK Bedah Soedirman, RSI Hidayatullah, RSK Puri Nirmala, RS Patmasuri (umbulharjo, matrijeron & Kotagede), RSKB Ringroad Selatan (Wilayah Mantrijeron), RS Griya Mahardika (Wilayah Umbulharjo, Matrijeron dan Kotagede).
RS. Rujukan Kota/Kabupaten : RS. Panti Rapih, RS Bethesda RSUD Kota Yogyakarta, RSU PKU Muh Yogyakarta, RS PAU Harjolukito, RSUD Panembahan Senopati Bantul, RSUD Wates,RSUD Sleman, RS Akademik, RS JIH, RS Mata Dr. Yap.
RS Rujukan Regional : RSUD Kota Yogyakarta
RS Rujukan Provinsi : RSUP DR Sardjito, RSJ Grhasia (Khusus Jiwa)