Untuk terlaksananya pengembangan sistem kendali mutu dan system pembayaran pelayanan kesehatan yang tujuannya adalah untuk meningkatkan efektivitas penyelenggaraan jaminan kesehatan sehingga diperlukan pengaturan terkait penerapan sistem kendali mutu pelayanan dan sistem pembayaran pelayanan kesehatan.
Pengaturan Sistem kendali mutu dan system pembayaran kesehatan tersebut terkait dengan Pasal 42 ayat (3) Peraturan Presiden Nomor 12 Tahun 2013 tentang Jaminan Kesehatan sebagaimana telah beberapa kali diubah terakhir dengan Peraturan Presiden Nomor 28 Tahun 2016 tentang Perubahan Ketiga atas Peraturan Presiden Nomor 12 Tahun 2013 tentang Jaminan Kesehatan.
Oleh sebab itu BPJS Kesehatan menetapkan Peraturan Badan Penyelenggara Jaminan Sosial Kesehatan no 8 tahun 2016 tentang Penerapan Kendali Mutu dan Kendali Biaya pada Penyelenggaraan Program Jaminan Kesehatan Nasional.
Seperti yang termuat pada pasal 2 Peraturan BPJS No 8 Tahun 2016 dimana Kendali mutu dan kendali biaya pelayanan kesehatan dilakukan untuk menjamin agar pelayanan kesehatan kepada Peserta sesuai dengan mutu yang ditetapkan dan diselenggarakan secara efisien.
Sistem kendali mutu dan kendali biaya pelayanan kesehatan pada Fasilitas Kesehatan dilakukan oleh Fasilitas Kesehatan dan BPJS Kesehatan, berkoordinasi dengan organisasi profesi, asosiasi fasilitas kesehatan, Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota, Dinas Kesehatan Provinsi, dan Kementerian Kesehatan.
Penyelenggaraan kendali mutu dan kendali biaya pelayanan kesehatan dilakukan melalui pemenuhan standar mutu yang meliputi:
a. standar input pada Fasilitas Kesehatan;
b. standar proses pelayanan kesehatan; dan
c. standar luaran kualitas kesehatan Peserta.
Oleh sebab itu BPJS Kesehatan menerapkan strategi pengendalian mutu dan biaya pelayanan kesehatan di Fasilitas Kesehatan baik di FKTP dan FKRTL. Langkahnya adalah dengan pembentukan tim kendali mutu dan kendali biaya yang terdiri dari unsurorganisasi profesi,akademisi dan pakar klinis. Selain itu BPJS Kesehatan juga melakukan pembentukan dewan pertimbangan medic, peningkatan kerjasama Fasilitas Kesehatan dan juga penerapan pembayaran berbasis kinerja.