Sebagai pemegang KJS maka nantinya warga akan ikut pula terdaftar dalam Jaminan Kesehatan Nasional yang menjadi program Nasional pada Januari 2014. Program KJS tersebut memakai sistem INA CBG (Indonesia Case Base) dimana pola pembayaran ini tetap akan digunakan dalam JKN nanti.
INA - CBG ` s merupakan sistem pembayaran paket yang didasarkan pada penyakit yang diderita oleh pasien . Paket ini berpedoman dalam Peraturan Menteri Kesehatan dimana mencakup jenis obat dan istilah dirawat inap .
Dari data Dinas Kesehatan DKI Jakarta kepesertaan KJS didominasi oleh Jakarta Timur yang mencapai 980,694 , Jakarta Barat mencapai 700,216 , Jakarta Utara dengan 613,799 , Jakarta Selatan dengan 592,382 , Jakarta Pusat dengan 559,604 , dan Kepulauan Seribu dengan 22,372 .
Permasalahan yang dihadapi dalam pelaksanaan program KJS adalah kurang aktifnya warga dalam mendaftar menjadi anggota sehingga Dinas Kesehatan DKI Jakarta perlu lebih mensosialisasikan kembali program KJS tersebut . Selain itu adanya rujukan rumah sakit yang belum optimal . Banyak warga lebih memilih untuk mengunjungi rumah sakit langsung ketika mereka harus meminta surat rujukan dari puskesmas pertama . Hal ini karena jika Puskesmas tidak bisa menangani pasien , mereka langsung akan mengirim ke rumah sakit .
Saat ini terdapat rumah sakit rujukan yang memadai di 92 lokasi, seperti 7 Rumah Sakit Daerah ( RSUD ) , 9 rumah sakit vertikal , 11 rumah sakit tentara , 54 rumah sakit swasta , 3 rumah sakit di luar Jakarta dan 8 klinik dialisis . Rumah sakit yang paling banyak dikunjungi oleh pemegang KJS adalah Tarakan , Koja , Cengkareng , dan Budhi Asih Regional Rumah Sakit. (sumber: Jakarta.go.id)